دیوان حقوق دریاها طبق ماده ۱۳ اساسنامه‌ی خود می‌تواند با ارکان کوچک‌تر به دعاوی ارجاعی رسیدگی کند. این ارکان کوچک‌تر در تقسیم‌بندی کلی دو دسته‌اند: شعبات ویژه و شعبه‌ی بستر دریاها.

شعبه‌های ویژه دیوان سه گروه هستند:

۱- شعبه‌ی اختصاری: دادگاه همه ساله شعبه‌ای را به صورت دائمی و به منظور تسریع در رسیدگی به امور ایجاد می‌کند. این شعبه ۵ عضو دارد که رئیس و نائب رئیس هم در میان آن‌ ها هستند. وظیفه آن‌ ها رسیدگی به وضعیت‌های ارجاعی به صورت ساده و فوری است. البته تنها پرونده هایی که قابلیت رسیدگی ‌به این شکل را دارند ‌به این شعبه ارجاع می‌شوند.

۲- شعبه‌ی ویژه: ماده ۱۵ اساسنامه به دیوان این اجازه را می‌دهد که در هر زمان یک یا چند شعبه که حداقل متشکل از ۷ عضو باشد را برای رسیدگی به دعاوی خاص تشکیل دهد.

۳- شعبه‌ی خاص (ad hoc): اگر طرفین یک پرنده درخواست کنند و خود دیوان موافقت نماید، دادگاه می‌تواند برا رسیدگی به یک اختلاف معین شعبه‌ای ایجاد کند که ترکیب اعضای آن به وسیله دادگاه و با رضایت طرفین تعیین می‌شود.^[۱۵۸]

احکامی که از جانب این شعب صادر شوند به منزله‌ی رأی صادره از دیوان است و نیاز به تنفیذ بعدی ندارد. طبق آئین دادرسی دیوان، طرف‌های درگیر در پرونده می‌توانند به وسیله نماینده در جلسات حضور داشته باشند و از مشاورین و کلای دادگستری کمک بگیرند.

۳-۱-۲- شعبه‌ی اختلافات بستر دریاها

این شعبه به عنوان یکی از مهم‌ترین ارکان دیوان بین‌المللی حقوق دریاها شناخته شده است. وجود این شعبه می‌تواند به عنوان یکی از نقاط اصلی تفاوت میان دیوان بین‌المللی دادگستری و دادگاه مورد بحث این نوشته باشد. شعبه‌ی مذکور دارای ۱۱ عضو است. این ۱۱ نفر از میان اعضای دیوان و با اکثریت آرای این اعضا انتخاب می‌شوند. توزیع عادلانه جغرافیایی ‌در مورد این افراد هم رعایت می‌شود. مدت مأموریت این قضات ۳ سال است که این مدت قابل تمدید می‌باشد. در دعاوی ارجاع شده ‌به این شعبه، طرفین می‌توانند قاضی اختصاصی داشته باشند. خود شعبه‌ی بستر دریاها می‌تواند یک شعبه‌ی ویژه مرکب از سه نفر از اعضا ایجاد کند که به مسائل خاص رسیدگی می‌کنند یا پرونده های نه چندان سنگین را به صورت فوری و ساده حل و فصل می‌نمایند.

طبق ماده ۳۷ اساسنامه دیوان، دو گروه می‌توانند به شعبه‌ی اختلافات بستر مراجعه کنند:

۱- کشورها و مقام بین‌المللی اعماق که جزو اشخاص بین‌الملل عمومی هستند؛ و

۲- سایر اشخاص، شرکت‌های دولتی، اشخاص حقیقی و حقوقی و شرکت‌های دولتی.

۳- نکته قابل ذکر در این مورد آن است که اشخاص حقیقی و اشخاص مشمول حقوق خصوصی برای مراجعه به شعبه و فعالیت در منطقه اعماق نیاز به حمایت یکی از کشورهای عضو دارند.

۳-۱-۳- صلاحیت‌های دیوان

صلاحیت‌های دیوان در چهار حوزه قابل بررسی هستند: شخصی، موضوعی، زمانی و مکانی

تعیین صلاحیت شخصی دیوان مستلزم پاسخ ‌به این سؤال است که چه کسانی حق مراجعه به دیوان را دارند؟ ماده ۲۹۱ کنوانسیون ۱۹۸۲ و ماده ۲۰ اساسنامه‌ی دیوان ‌به این سؤال پاسخ داده‌اند. مراجعی که حق ارجاع وضعیت به دیوان را دارند از این قرارند:

الف) کشورهای عضو کنوانسیون. اگر دولتی عضو کنوانسیون نباشد ولی طرف قراردادی باشد که صلاحیت دیوان در آن پذیرفته شده باشد نیز می‌تواند به دیوان رجوع کند.

ب) سازمان‌های بین‌المللی

ج) سایر اشخاص یعنی شرکت‌هایی که رکنی از مقام بین‌المللی بستر دریاها هستند و شرکت‌های کشورهای عضو و یا اشخاص حقیقی یا حقوقی که تابعیت کشور هضو را دارند.

صلاحیت موضوعی دیوان نیز شامل مسائلی می‌شود که قابلیت طرح در دیوان را دارند. از نظر صلاحیت موضوعی می‌توان گفت که دیوان بین‌المللی حقوق دریاها محظورات دیوان بین‌المللی دادگستری را ندارد. دلیل عمده این ادعا نیز تفاوت در میزان حساسیت مأموریت‌های این دو نهاد است. میزان اثرگذاری ICJ در عرصه بین‌المللی بر هیچکس پوشیده نیست. تصمیمات این سازمان از دیرباز نقش عمده‌ای در سیاست‌گذاری کشورها ‌داشته‌اند. به همین دلیل است که فشار سیاسی از جانب کشورها و افکار عمومی به مراتب بیشتر از نهادی مانند دیوان حقوق دریاهاست. در کنار این مطلب، باید قدمت دیوان بین‌المللی دادگستری در مقایسه با دیوان حقوق دریاها را نیز در نظر گرفت. با این حال هیچکدام از موارد مارالذکر نافی اهمیت وجودی دیوان حقوق دریاها نیست.

در مجموع و در نگاه کلی می‌توان گفت که همه‌ اختلافات مربوط به حقوق دریاها در حیطه صلاحیت دیوان قرار می‌گیرند اما این موضوعات به تفکیک از این قرارند:

الف) صلاحیت رسیدگی به هر نوع اختلاف مربوط به تفسیر و اجرای کنوانسیون

ب) صلاحیت رسیدگی به هر نوع احتلاف مربوط به تفسیر و اجرای یک موافقتنامه‌ی بین‌المللی که با اهداف کنوانسیون در ارتباط باشد و به موجب همان موافقتنامه به دیوان احاله گردد.

ج)رسیدگی ویژه ‌در مورد ترخیص سریع کشتی‌ها و خدمه‌ی آن‌ ها که جزو صلاحیت دیوان است.

البته باید خاطر نشان کرد که ممکن است مواردی از صلاحیت دیوان استثنا گردد. ماده ۲۹۸ کنوانسیون حقوق دریاها به کشورها این اجازه را داده است که قبل یا بعد از الحاق برخی مسائل را از صلاحیت دیون خارج کنند. موارد مذکور از این قرارند:

الف) اختلافات مربوط به تعیین حود مناطق دریایی یا اختلافات مربوط به خلیج‌ها و حقوق تاریخی.

ب) اختلافات مربوط به فعالیت‌های نظامی من جمله فعالیت‌های نظامی کشتی‌ها و هواپیماهای دولتی که به منظور غیر تجاری به کار برده می‌شوند.

ج) اختلافاتی که شورای امنیت سازمان ملل ‌در مورد آن‌ ها وظایفی را اجرا می‌کند که منشور به عهده آن قرار داده است.

خارج از این موارد، خود دیوان تشخیص می‌دهد که ‌در مورد اختلاف مطرح شده صلاحیت رسیدگی دارد یا خیر.

از نظر زمانی، صلاحیت دیوان محدود به زمان بعد از لازم‌الاجرا شدن کنوانسیون ۱۹۸۲ می‌گردد. سرزمین کشورهای عضو کنوانسیون نیز مشخص کننده‌ صلاحیت مکانی دیوان هستند.

۳-۱-۴- آئین دادرسی دیوان

رسیدگی به دعاوی در دیوان مراحلی دارد که در ادامه توضیح داده می‌شوند.

۱- طرح دعوی: اختلافات به وسیله ابلاغ توافق طرفین و یا دادخواستی که به دفتردار دیوان داده می‌شود نزد دیوان دادگاه مطرح می‌شوند. دفتردار بلافاصه دادخواست را به مقامات دول ذینفع اطلاع می‌دهد. اگر دادخواست ‌در مورد یک معاهده‌ی چند جانبه باشد، دفتردار مراتب را به اطلاع سایر کشورهای عضو نیز می‌رساند. اصل دادخواست باید به امضای نماینده کشور اقامه کننده‌ دعوی یا سفیر وی در کشور محل دادگاه برسد.

۲- تبادل لوایح: دادرسی در دیون دو مرحله دارد: مرحله کتبی و مرحله شفاهی. آئین کتبی عبارت است از ابلاغ لوایح متقابل و همچنین ابلاغ اوراق و مدارک مربوط به دعوی. رونوشت هر گونه اوراق که توسط یکی از طرفین ارائه می‌شود به محض دریافت به طرف دیگر هم ابلاغ می‌گردد. آئین شفاهی عبارت است از استماع اظهارات شهود و کارشناسان و وکلای طرفین دعوی.